Klingt super.Die Truppen befinden sich in der Basis.
Es sind Nuancen, mit denen man hier spielen kann, je nachdem, welche Assoziationen man hervorrufen möchte. Soll die Basis das Bild einer Plattform vermitteln, die einen Versorgungsstützpunkt für die Truppen bildet? Auf der Militärmaschinen starten und landen? Dann passt "auf" gut. Soll man sich die Basis eher als Rückzugsort vorstellen, in der die Truppen Schutz finden und den sie gegen Angreifer verteidigen? Dann passt "in" besser.
("In" transportiert m. E. die Schutzfunktion besser, lässt an einen umhegten Bereich denken, während "auf" offener wirkt.)